먼저 대통령직 인수위가 통상 교섭 및 조정 기능을 산업통상자원부로 이관키로 한 데 대해 통상교섭본부장을 지낸 김종훈 의원과 심윤조 의원은 “통상 기능을 외교부에 남겨야 한다”고 주장했다.

통상교섭본부는 과거 국회 정개특위에서 통상교섭대표단을 산자부와 외교부가 서로 맡겠다고 경합한 끝에 외교부 산하에 두게 됐고, 15년이 지난 지금은 소모적인 갈등도 줄고, 통상외교력이 향상됐기 때문에 성과를 충분히 검토돼야 한다는 것이다.

이에 대해 인수위원인 강석훈 의원은 “통상과 산업을 통합한 것은 유럽 국가 등 일부 국가에서 충분히 추진하고 있다”며 “통상도 중요하지만 통상 이후 산업과 연계도 중요하다는 박 당선인의 철학이 반영됐다”고 이해를 구했다.

또 50조원의 예산을 운영하는 ICT 전담 부서로 관련 부서가 통합되는 만큼 미래창조과학부를 담당할 별도의 상임위원회를 국회에 신설해야 한다는의견도 나왔다.

부활하는 해양수산부가 지속적으로 성장하기 위해서는 조선과 해양플랜트, 국제물류 기능을 해양수산부에 추가해야 한다는 의견도 제시됐다.

일부 의원은 식품산업 진흥이나 농업계의 반발을 최소화하기 위해 농림축산부를 ‘농림축산식품부’로 변경해야 한다고 주장했다. 반면 행정 비용을 감안해 현행대로 ‘농림수산식품부’로 유지하자는 의견도 제시됐다.

또 행정안전부를 ‘안전행정부’로 바꾸는 문제와 관련, 박 당선인의 의견도 중요하지만 행안부의 기능이 그대로라면 명칭을 바꾸는 데 기회비용이 많이 소요되는 만큼 기존 명칭을 유지해야 한다는 주장도 나왔다.

이 밖에 청소년 보호 및 육성 기능이 필요한 만큼 여성가족부 명칭에 청소년 명칭을 포함하자는 의견, 교육과학부의 산학협력기능이 미래창조과학부로 이관되는 것에 대한 대학들의 우려를 반영해 존속해야 한다는 주장, 국가보훈처를 국가보훈부로 격상하거나 장관급으로 올리고, 원자력안전위원회를 미래창조과학부 산하로 격하시키지 말고 독립위원회 남겨둔 채 규제 기능을 강화해야 한다는 의견도 나왔다.