민주통합당 등 야당 의원들은 감사원의 감사결과 발표에 대해 총리실과 국토해양부 등이 반발하며 재검증을 추진하는 것을 지적하고 청문회, 국정조사 등을 통한 진상규명을 촉구한 반면 새누리당 의원들은 4대강 사업 자체가 문제가 있는 것처럼 보는 것은 옳지 않다며 정부 차원의 재검증 추진을 강조했다.

이에 권도엽 국토해양부 장관은 “4대강 보의 안전이나 기능에는 전혀 문제가 없다”며 감사원 지적사항과 관련, 바닥보호공, 수문 등 4대강 시설물 보완, 철저한 수질 관리, 수문 기준 미달한 관계사 엄정 조치 등을 하겠다고 밝혔다. 권 장관은 4대강 사업이 ‘총체적 부실’이라는 언론 보도에 대해서도 “일부 언론이 감사결과에 근거하지 않은 확대해석으로 국민의 불안심리가 가중됐다”며 “4대강 사업이 총체적 부실이라는 건 감사결과 취지와 다르다”고 반박했다.

그러면서 “보 안전, 수질 안전에 대한 우려를 불식시키기 위해 관련 학회 등을 중심으로 객관적, 전문적 검증을 실시하겠다”며 “정부는 필요한 뒷받침을 하되 검증 과정, 결과에 대해선 일체 관여하지 않을 것”이라고 정부의 재검증 추진 계획을 밝혔다.

그러자 주승용 위원장은 “정부가 감사원의 감사결과를 부정하고 총리실이 주최가 되어 다시 검증하겠다는 것은 행정 절차가 무시된 아마추어 정부에서나 나올 수 있는 상태”라고 지적했다.

민주당 이미경 의원은 “매우 부적절하다”며 위원회 차원에서 청문회, 국정조사를 통해 검증해야 한다고 주장했다. 같은당 박수현 의원은 “장관이 감사원 지적에 대해 재검증이란 용어를 동원하며 반박하는 것은 옳지 않은 태도”라며 “한달 남았는데 어떻게 재검증을 하겠다는 것이냐”며 비판했다.

민주당의 공격에 새누리당 간사인 강석호 의원은 “감사원에 토목공학적으로 기술적으로 높은 분들이 아닐 것”이라며 “국토부나 환경부가 감사원 감사에 문제가 있다면 보충설명도 하고 실질적으로 밝혀야 하지 않겠냐”라고 반문했다. 같은당 이노근 의원은 “감사원의 잘못된 경우도 꽤 많이 발견됐다. 심지어 횡포도 있다”며 “잘못됐으면 시정하기 위해 재점검해야 하는 것 아니냐”고 지원사격을 했다.