손열 연세대 교수는 “성공적인 대외 협상을 위해서는 각 부처의 이해관계를 조정하는 컨트롤타워 역할을 하기 위해선 미국의 무역대표부(USTR)와 같은 독립기구를 총리실 산하에 설치하는 게 적절하다”고 의견을 제시했다. 새누리당 이재오 의원은 “외교의 전 역량은 통상교섭에 있기 때문에 통상 업무를 외교통상부에 그대로 존치하는 게 좋겠다”고 했으며, 민주통합당 진선미 의원도 “통상에 대해 관점의 변화를 추구한다면 독립기관을 생각해야 할 때”라고 지적했다. 반면 이원희 한경대 교수는 “외교부에 통상 기능이 있는 것도 상당한 의미가 있지만 한편으로 산업부로 이관되더라도 컨트롤타워로 작동할 것으로 기대한다”며 인수위 원안에 찬성했다. 이재호 한국행정연구원 연구위원도 “외교통상부에서 재외국민의 안전에 대한 논의는 뒤처져 있었다”며 “국민의 안전을 강조하기 위해 통상과 분리하는 것도 의미가 있지 않겠느냐”고 말했다.

정부조직 개편안을 주도한 인수위의 유민봉 국정기획조정분과 간사는 정부조직 개편안의 정당성을 강조하면서 통상기능 이전을 “헌법의 골간을 흔든 것”이라고 한 김성환 외교통상부 장관의 전날 발언에 대해 “아마 참모들이 잘못 조언한 것이 아닌가 생각한다. 표현이 조금 외교적이지 못했다”고 지적했다.

‘공룡 부처’인 미래창조과학부의 업무 분장을 놓고서도 논쟁이 벌어졌다.

윤태범 방송통신대 교수는 “과학기술, 정보와 방송 통신, 원자력, 우정사업본부 등 상당히 이질적인 기능들이 창조경제라는 모호한 개념 안에 집어넣는 게 과연 적절하냐”면서 “기초과학에 대한 논의로 시작된 미래부 신설 목적이 결국 일자리 창출과 경제부흥으로, 지속 장기적인 관점이 아니라 성과 중심의 단기부처로 바뀌었다”고 지적했다. 윤 교수는 원자력안전위원회의 미래창조과학부 산하 편입에 대해서도 “국제규범과 어긋나는 결정”이라고 비판했다.

조준상 공공미디어연구소장은 방송 진흥 분야가 방송통신위원회로부터 이전되는 것에 대해 “커뮤니케이션 영역에서 규제와 진흥을 분류하기는 어렵다”며 “합의제 위원회에서 방송 정책과 방송통신융합 정책을 맡도록 하는 게 옳다”고 주장했다.

이에 이창원 한성대 행정학과 교수는 “미래창조과학부의 설치 취지는 과학기술과 정보통신을 기반으로 일자리를 창출하고 신성장 동력을 만들어내는 것”이라며 “상대적으로 기초과학분야가 소외될 수 있지만 1차관이 맡았다는 점에서 의미가 있다”고 맞섰다. 그러나 “경제부총리가 총리의 명을 받아 관계부처를 총괄한다고 하는데 이는 모호한 개념”이라는 의견을 내기도 했다.

국회 행정안전위는 8일 전체회의를 열어 정부조직법 개정안을 의결하고 오는 14일 국회 본회의에서 처리할 예정이지만 여야간 협상과정에서 논란이 예상된다.