우선 징계절차에서 비위가 어느 정도 확실하게 입증되었을 때 징계를 할 수 있는가가 문제된다. 행정청은 비위 공무원에 대한 강제수사권이 없으므로 조사에 한계가 있지만 그래도 ‘충분한 조사’ 후 징계절차에 들어가야 한다. 하급심 판결례는 징계처분의 원인이 되는 비위사실에 대하여는 행정청이 그 입증책임을 부담하고, 징계처분이 공무원의 신분에 중대한 변동을 가져오는 재제처분임에 비추어 그 입증의 정도는 징계사유의 존재에 관하여 의심을 갖게 하는 정도로는 부족하고 형사상 유죄의 확신에 준하는 보다 명확한 증명이 필요하다고 요구하고 있다. 따라서 ‘충분한 조사’는 행정청은 범죄를 수사하는 수사기관에 준하는 입장에서 징계혐의자의 비위 사실에 대하여 ‘객관적이고 과학적인 조사’, ‘중립적이고 공정한 조사’를 하여야 한다는 의미이다. 수사기관은 고소가 있다고 해서 일방적으로 가해자에게 범죄혐의가 있다고 판단하지 않고, 피해자의 진술에 더해서 피해자의 진술을 뒷받침할 만한 객관적인 다른 증거를 조사하여 피해자 진술의 신빙성을 검토하는 한편, 가해자의 진술과 관련 증거를 충분히 조사한 다음에 어느 한 쪽 편을 들지 않고 중립적인 입장에서 가해자에게 범죄혐의가 있는지 여부를 판단하므로 징계절차에서도 가급적 징계를 요구하는 자와 징계의 부당함을 주장하는 자가 제시하는 자료를 충분히 수집 검토하여야 하고, 징계혐의자에게 유리한 증거는 고의적으로 첨부하지 않고 불리한 자료만을 수집한다면 이는 적법한 징계절차라고 할 수 없다.
조사 결과 비위혐의가 인정되었을 경우 비위의 경중에 따라 ‘파면-해임-강등-정직-감봉-견책’의 수위로 징계가 내려진다. 징계 수위에 대하여도 징계위원이 임의로 징계수위를 결정하는 것이 아니고 공무원징계령 시행규칙의 별표에 비위의 경중, 고의, 중과실, 경과실에 따라 상세히 징계수위를 정하고 있다. 직권남용 또는 정치운동 금지 위반의 경우 ‘비위 정도가 심하지만 경과실, 비위 정도가 약하지만 중과실’인 경우 ‘강등 또는 정직’의 대상이다. 특별한 항목이 없는 일반적인 품위유지의무 위반의 경우 ‘비위의 정도가 심하고 중과실인 경우, 비위가 약하고 고의’인 경우 ‘정직 또는 강등’사유에 해당한다. 이러한 징계에 대하여도 각종 훈포장이 있는 경우 이를 반영하여 다시 징계수위 감경이 가능하고 이에 대하여 전혀 검토하지 않으면 그 자체로 징계위법 사유가 되어 해당 징계는 취소된다.
검찰총장 징계와 관련하여 총장측이 위원기피신청, 기록열람신청, 증인신청 등 통상 공무원의 징계절차에서는 볼 수 없는 과도한 법적절차 보장을 요구하고 그 중 일부가 이루어져 황제징계라는 비아냥이 있다. 그렇지만 이러한 권리는 대부분 법 또는 법리적으로 당연히 보장되는 것이므로 이를 두고 황제징계라고 할 수 없다. 또한 검찰총장의 비위행위에 대하여 징계요청 기관은 중립적인 입장에서 수사절차에 준하는 입증이 있어야 하는데 언론보도의 내용을 보면 법무부가 오로지 비위 혐의 사유 수집만을 하였고 상대방의 방어권 보장을 등한시하여 판례가 말하는 ‘형사 재판에 준하는 정도의 입증’에 이르지 못할 가능성이 높다. 나아가 비위라고 지적된 품위유지의무 위반, 직권남용이 징계기준표에 정한 수위에 맞게 정직 처분이 내려졌는지 하는 의문이다. 이러한 여러 가지 내용을 종합하면 비위행위의 존부는 고사하고 그 절차에 위법이 상당한 것으로 보여 징계취소 대상이 될 가능성이 매우 높다.
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